Le programme scientifique de Québec-Océan s’inscrit dans la « Décennie pour les sciences océaniques au service du développement durable », une initiative internationale des Nations Unies. Il a pour but de mieux comprendre les écosystèmes marins, prévoir leur évolution et accompagner les gouvernements ainsi que les différents secteurs d’activité de la société québécoise dans leurs efforts de suivi, de conciliation des usages et de préservation de l’environnement marin.
Axe 1 — « Planète bleue : vers une utilisation durable des écosystèmes marins » vise à produire des connaissances scientifiques aptes à informer le public et appuyer différents secteurs d’activité (gouvernements, industrie, OBNL) dans la prise de décision et la mise en place de mesures visant à maintenir l’intégrité de nos écosystèmes côtiers, tout en assurant une utilisation sécuritaire du milieu marin et en limitant les impacts cumulés sur l’océan global.
Axe 2 — « Nouvelles frontières en océanographie : observer et modéliser pour mieux comprendre et protéger » s’emploie à repousser les frontières de la connaissance et des moyens d’observation et de prévision afin d’appuyer les travaux menés au sein de l’axe 1.