L’organisation et la gestion du regroupement résultent de la longue expérience du regroupement, dont les collaborations remontent à 1970, et de son adaptation continuelle aux nouvelles conditions de la recherche québécoise.
L’assemblée générale est composée de tous les membres présents. Elle a lieu une fois par an et entérine les statuts du regroupement proposés par le conseil d’administration (CA).
Le conseil d’administration (CA) représente les cochercheurs, les collaborateurs, les employés des laboratoires et de Québec-Océan, les étudiants et les stagiaires postdoctoraux. Le CA se réunit au moins deux fois par an pour orienter les activités du regroupement et prendre les décisions budgétaires conséquentes. Les activités et les résolutions sont consignées dans les procès-verbaux.
Plusieurs comités sont chargés de conseiller le CA. Pour les orientations stratégiques du regroupement, le comité consultatif (CC) réunit les représentants des principaux partenaires universitaires (vice-recteurs) et des utilisateurs des résultats de recherche. Pour les orientations scientifiques, le comité de concertation et de diffusion de la recherche (CCDR) rassemble les chefs d’axes du programme scientifique, en plus des membres d’office. Le comité ÉDI est composé de 5 membres représentant la diversité des membres et a pour mandat de guider les actions de Québec-Océan afin d’offrir des services équitables et inclusifs dans un environnement sans discrimination. Le comité des services partagés (CSP) qui comprend 4 membres est chargé de superviser les services en logistique des équipements de terrain et qualité/archivage de données est adéquat. Enfin les 2 professeur.es et le postdoctorant.e du comité pour les formations courtes (CF) évaluent les demandes d'aides financières des étudiants et postdoctorants.
Le Comité Étudiant (CÉ) représente les membres étudiants et participe au CA et CCDR. Le CÉ contribue à l’animation scientifique, aux activités de formation, à la communication et au rayonnement du regroupement.
