Les universités membres, Université Laval, UQAR, McGill University et l'INRS-ETE, participent financièrement au Regroupement et contribuent aux infrastructures majeures et au parc d’équipements. Leurs chercheurs et étudiants qui font partie de Québec-Océan peuvent profiter des privilèges offerts par le Regroupement, selon la catégorie de membre à laquelle ils appartiennent.
L'Institut Maurice-Lamontagne (ministère des Pêches et Océans, Canada) voit quelques uns de ses chercheurs participer au programme scientifique de Québec-Océan et bénéficier de certains avantages du Regroupement.
Amundsen Science assure la gestion des missions et la maintenance scientifique du brise-glace de recherche canadien NGCC Amundsen et partage certains services avec Québec-Océan.
