En 1970, la fondation du Groupe Interuniversitaire de Recherches Océanographiques du Québec (GIROQ) par un groupe de chercheurs des universités Laval, McGill et Montréal d’une part, et le développement prioritaire de l’axe « Océanographie » à l’Université du Québec à Rimouski (UQAR) d’autre part, ont jeté les bases de la concertation en recherche océanographique au Québec.
Financé par le gouvernement du Québec dès 1973, le GIROQ s’est développé jusqu’en 2001, d’abord avec les trois composantes universitaires, puis avec seulement les équipes de McGill et Laval. Parallèlement, l’INRS fondait un institut en Océanologie en 1972 à Rimouski, tandis que l’UQAR créait une section océanographique (SOUQAR) en 1973. En 1978, le département d'océanographie de l'UQAR voyait le jour. Au début des années 90, une entente entre le Département d'océanographie de l'UQAR et l'INRS-Océanologie a été conclue pour former le Centre océanographique de Rimouski (COR), ce qui a donné lieu en 1999 à la création de l’Institut des Sciences de la Mer (ISMER).
En 2001-2002, le nouveau programme des Regroupements stratégiques du Fonds québécois de recherche sur la nature et les technologies a suscité la collaboration officielle de plusieurs océanographes des universités Laval, McGill et de l’UQAR-ISMER pour former Québec-Océan, le groupe interinstitutionnel de recherches océanographiques du Québec.
Au-delà des politiques et des structures administratives, c’est donc depuis bientôt 50 ans que les océanographes québécois mènent des recherches dans l’estuaire et le golfe du Saint-Laurent, le nord du Québec et du Canada, tout en étudiant certains écosystèmes marins dans les mers du monde entier. Les recherches à la fois fondamentales et appliquées couvrent les quatre disciplines fondamentales de l’océanographie, soit la physique, la chimie, la géologie et la biologie.
Québec-Océan a contribué à mettre en place le Réseau de Centres d’Excellence ArcticNet (2004), l’Observatoire Global du Saint-Laurent (OGSL, 2005), la Chaire d’Excellence en Recherche du Canada sur la nouvelle frontière arctique (2011), l’Unité Mixte Internationale Takuvik (U. Laval et CNRS, France, 2011), ainsi que le programme Apogée Canada Sentinelle Nord (2015). Afin de mener à bien ces projets d’envergure, Québec-Océan entretient un parc d’équipements océanographiques et s’est donné des moyens à la mer via le navire de recherche Coriolis II, géré par REFORMAR, et le brise-glace NGCC Amundsen, cogéré par Amundsen Science et par la Garde côtière du Canada.
Actuellement Québec-Océan demeure un pilier des grandes initiatives océanographiques au Québec et au Canada, de par son implication dans la création et le fonctionnement de l’Institut Nordique du Québec (INQ, 2014), du Réseau Québec Maritime (RQM, 2016), de l’Institut France-Québec pour la coopération scientifique en appui au secteur maritime (IFQM, 2016) et de la communauté de pratique de l’Alliance de la Recherche Océanique au Canada (AROC, 2018).