GESTION DES DONNÉES – DÉPÔTS DE DONNÉES

DÉPÔTS DE DONNÉES PERTINENTS POUR LES MEMBRES DE QUÉBEC-OCÉAN


 BCO-DMO
Le Biological and Chemical Oceanography Data Management Office (BCO-DMO) est une plateforme où des données d’origine marine peuvent être facilement diffusées, protégées et stockées à court ou moyen terme. Cette base de données peut inclure des mesures et des résultats biologiques, chimiques, biochimiques et physiques, ainsi que leurs métadonnées. Le stockage des données est multiple, ce qui assure la sécurité de l’archivage.
 BIOCHEM
BioChem a été développé et est maintenu par Pêches et Océans pour archiver les données biologiques et chimiques qui ont été produites par des projets de recherche ou qui ont été récoltées dans les zones d’intérêt canadien. Les données de BioChem sont divisées en deux ensembles : d’une part les données discrètes qui sont issues habituellement des échantillonnages par bouteille d’eau (par exemple, les sels nutritifs, l’oxygène dissous et la chlorophylle); d’autre part, les données de plancton qui proviennent habituellement des traits de filet (par exemple, les décomptes d’espèces et les mesures de biomasse). En plus de fournir des données pour la recherche sur le climat, les données archivées peuvent être utilisées aussi, par exemple, pour améliorer la compréhension de la variabilité des écosystèmes et appuyer les recherches sur les pêches.
 DRYAD
Dryad est un dépôt de données qui regroupe les données apparaissant dans les publications scientifiques et médicales. Ce référentiel à usage général favorise la quête, l’utilisation et la citation de données très diversifiées (texte, feuilles de calcul, vidéos, photographies, codes). La mission scientifique, éducative et caritative de Dryad est de promouvoir des données publiées dans la littérature scientifique pour leur utilisation en recherche et en éducation.
 GENBANK
GenBank est une base de données libre d’accès qui répertorie toutes les séquences de nucléotides et leurs traductions en protéines disponibles publiquement. Cette base de données est produite et maintenue par le National Center for Biotechnology Information (NCBI), sous la responsabilité du International Nucleotide Sequence Database Collaboration (INSDC). La base de données est conçue pour fournir et encourager l’accès de la communauté scientifique aux informations les plus complètes et les plus à jour sur les séquences d’ADN. Par conséquent, NCBI ne restreint pas l’utilisation ou la distribution des données de GenBank. Cependant, certains auteurs peuvent demander des brevets, des copyrights ou d’autres droits de propriété intellectuelle pour tout ou partie des données qu’ils ont soumises.
 ICES MARINE DATA
ICES (CIEM en français – Conseil International pour l’Exploration de la Mer) est une organisation intergouvernementale qui a pour objectif principal d’accroître les connaissances scientifiques sur l’environnement marin et ses ressources vivantes pour conseiller les autorités compétentes. Le centre de données ICES gère un grand nombre d’ensembles de données sur l’environnement marin, couvrant l’Atlantique du Nord-Est, la mer Baltique, la mer du Groenland et la mer de Norvège. Les collections de données sont organisées par portails thématiques ou par accès global. Les portails thématiques sont consacrés aux données océanographiques, aux communautés biologiques et aux contaminants, aux monitorages de chalutage, aux données sur les œufs et larves; aux données historiques de prédation par les poissons (contenus stomacaux) et de plancton.
 OpenDOAR
OpenDOAR n’est pas une base de données, mais un annuaire reconnu de dépôts universitaires libres d’accès. Cet annuaire liste gratuitement les dépôts et permet de les sélectionner selon différents critères. Les données conservées dans les dépôts concernent toute une variété de produits universitaires, mais le plus souvent ce sont des publications, des thèses ou des brevets.
 PANGEA
Le système d’information PANGEA est opéré comme une bibliothèque libre d’accès dédiée à l’archivage, la publication, et la diffusion de données géoréférencées provenant des recherches sur la planète Terre. Le système garantit l’accès à long terme des données grâce à l’implication de plusieurs succursales. La plupart des données sont libres d’accès et peuvent être utilisées sous la licence qui accompagne leur description. Quelques ensembles de données protégées par mot de passe sont sous moratoire parce que les projets qui les produisent sont en cours. La description des ensembles de données est toujours visible et inclut l’auteur principal qui peut être joint pour demande d’accès. Les ensembles de données peuvent être identifiés, partagés, publiés et cités en utilisant un DOI. Les citations sont accessibles via le portail de la Bibliothèque nationale allemande de Science et de Technologie (GetInfo).
 POLAR DATA CATALOGUE
Le Polar Data Catalogue est une base de données de métadonnées qui décrivent, indexent et procurent l’accès à des ensembles de données générées par des recherches dans l’Arctique et l’Antarctique. Les données enregistrées sont en format international (FGDC) pour permettre des échanges entre bases de données. Elles couvrent un grand nombre de disciplines, des sciences naturelles à la politique, de la santé aux sciences sociales. Le catalogue inclut un outil de recherche géospatial qui permet la recherche des données grâce à une interface de cartographie Web. Le catalogue combine aussi le géoréférencement avec des mots clés, des catégories et des dates.
 SYSTÈMES DE GESTION DE DONNÉES ENVIRONNEMENTALES (SGDE-IML et SGDE-ISMER/QO) et OBSERVATOIRE GLOBAL DU SAINT-LAURENT (OGSL)

Deux bases de données SGDE permettent aux utilisateurs d’archiver ou d'obtenir des données recueillies scientifiquement le long de l’estuaire et du golfe du Saint-Laurent. Les données acceptées par les deux SGDE peuvent provenir de mesures physiques, biologiques ou chimiques, qu’elles soient océanographiques, atmosphériques ou terrestres. Les données océanographiques doivent être conformes aux normes Ocean Data Format (ODF). Les autres données peuvent suivre d’autres formats. Dans les deux cas, un ensemble d’en-têtes doivent décrire les données (métadonnées).

Le SGDE-IML contient les données générées par les chercheurs de Pêches et Océans. Il est géré par l’Institut Maurice-Lamontagne (Pêches et Océans).

LE SDGE-Ismer/QO contient les données générées par les chercheurs de l’Institut des sciences de la mer (ISMER) et de Québec-Océan. Il est géré par l’ISMER et par Québec-Océan.

L’OGSL est un portail de diffusion et de valorisation des données concernant le système Saint-Laurent, des Grands Lacs au golfe. Les informations peuvent provenir des organismes gouvernementaux, des universités et d’autres partenaires impliqués dans le milieu. Les utilisateurs de l’OGSL peuvent interroger les bases de données SGDE-IML et SGDE-Ismer/QO ensemble ou séparément. L’OGSL propose des applications de visualisation de données utilisant un outil de recherche géospatiale, des outils de gestion de données et des produits de modélisation.

 TreeBASE
TreeBASE est un dépôt d’informations phylogénétiques, c’est-à-dire d’arbres phylogénétiques soumis par des chercheurs et des données utilisées pour les produire. TreeBASE accepte tous les types de données phylogénétiques (e.g. arbres d’espèces, arbres de populations, arbres de gènes) représentant tous les taxons biotiques. Les données de TreeBASE sont accessibles à tous si elles sont utilisées dans un article sous presse ou publiées dans un journal à comité de lecture, un livre, un compte-rendu de conférence ou une thèse. Les données utilisées dans une publication en préparation ou en révision peuvent être soumises à TreeBASE, mais elles ne sont accessibles qu’aux auteurs, aux éditeurs de la publication ou aux réviseurs via un code d’accès spécial. TreeBASE est produit et régi par The Phyloinformatics Research Foundation, Inc.
 WORLD OCEAN DATABASE (WOD)
Le National Oceanographic Data Center (NODC) gère la WOD dont les données environnementales ont été acquises par des activités domestiques ou étrangères. Le centre produit des applications informatiques qui aident à surveiller les changements environnementaux. Les données archivées comprennent des mesures physiques, biologiques et chimiques, provenant de l’observation océanographique in situ, de la télédétection satellitaire des océans, plus des simulations provenant de modèles océaniques.